1999, une dixième planète est découverte par le professeur Eucalyptus, il s'agit de la planète Loumetal (Râ Metal). Cette planète passe tous les mille ans près de la Terre. Afin d'empêcher la collision qui aurait lieu le 9 septembre à 9 heures, 9 minutes et 9 secondes, le professeur confie à son frère, le père d'Edouard, un projet secret.
Edouard est un jeune garçon passionné d’astronomie qui vit heureux avec ses parents et dont la seule préoccupation se limite à « qu’est-ce qu’on mange ? »
Mais les parents d'Edouard sont victimes d'un attentat par une mystérieuse organisation nommée « les Pirates du fond des Temps », Edouard part vivre chez son oncle le professeur Eucalyptus à l'observatoire et Opale, son assistante prend soin de lui.
Mais Opale, mène une double vie, si elle est la fille du patron d'un restaurant du coin, elle est également la reine envoyée du monde de Loumetal et est chargée de gouverner secrètement les humains pendant 1000 ans et réduire en esclavage les meilleurs scientifiques de la Terre le moment venu. En vivant parmi les humains, elle apprendra à les aimer et se détourne de son peuple afin de sauver son peuple d’adoption.
Cependant, le gouvernement de Loumetal, a envoyé des espions sur Terre pour vérifier l’intégrité d’Opale face à son monde natal ; et ils se rendent vite compte de sa trahison… La date fatidique approche…
Suivant son cours, la reine du fond des temps est totalement indépendante d'Albator, elle commence la saga liée à Galaxy Express 999/Maetel. En effet, Opale/Yayoï est la future mère de Maetel et d'Emeraldas et devient par la suite la cruelle reine Promethium. Ce sont les 2 OAV Maetel Legend qui exploitent les deux personnalités différentes de la reine, avant et après sa mécanisation et par la suite c'est la série de 2003, Space Symphony Maetel où elle tiens également un rôle principal.
Un long métrage a également été réalisé sur les bases de la série : Princesse Millenium.
Note : le générique, chanté par Claude Lombard, a gardé les noms italiens (Amamori, Tori, Kira)
Petit clin d’œil, le chiffre 9 est le chiffre préféré de Leiji, on peut le voir à la date exacte (secondes près) où la Terre va être percutée, dans la série Galaxy Express 999 où le train du même nom porte le chiffre 9. Beaucoup de ces œuvres ont ce chiffre indissociable (Submarine 99, DNA Sights 999.9). Visiblement cela lui a porté bonheur !
