La ville expérimentale de Lux, construite dans les profondeurs de la Terre, est devenue « La Cité Abandonnée » depuis que la surface l’a oubliée. Ses habitants y vivent dans la peur et le désespoir tandis que les gangs dirigent la ville avec violence. Ceux-ci contrôlent également le « Texhnolyze », une technologie de pointe qui permet de remplacer les membres du corps humains par de la puissante cybernétique. Le destin de ce monde va se jouer entre quatre personnages : Onishi, le caïd de la ville, Ran, une jeune fille aux pouvoirs de divination, Yoshi, un mystérieux visiteur de la surface et Ichise, un boxeur mutilé qui croisera les mauvaises personnes. Le « Tehxnolyze » les sauvera-t-ils ou sera-t-il l’objet de leur destruction ?