Lorsqu’elle était enfant, Utena Tenjô reçu une bague en forme de rose d'un mystérieux prince. Elle rêve depuis toujours de le retrouver et depuis s’habille et se comporte souvent comme un garçon. Quand elle arrive au lycée Ohtori, elle s’aperçoit lorsqu’elle provoque l’un de ses camarades en duel, qu’il existe une mystérieuse société secrète liée au Sceau de la Rose qui répond à des règles bien particulières. Son but serait de révolutionner le monde et de déclencher… l’Apocalypse !