Armée d'une épée mystérieuse, Utena affronte ses camarades de classe en duel afin de conquérir Anthy, la Fiancée de la Rose, détentrice d'un pouvoir magique très convoité. Ce pouvoir, réputé capable de révolutionner le monde, pourrait permettre à Utena de réaliser son voeu le plus cher, à savoir devenir un prince, bien qu'elle soir une fille. Toutefois, derrière leur amitié à toute épreuve se dissimule un terrible secret, et Utena doit affronter la vérité sur elle–même et sur ceux qu'elle aime.